Ο Ιερός Ποταμός, ο σημαντικότερος ποταμός του νομού Ρεθύμνου, πηγάζει από την Ίδη, διαρρέει σχεδόν όλη την πεδιάδα της Μεσαράς και, συγκεντρώνοντας τα νερά από πολλούς παραπόταμους, εκβάλει στον κόλπο της Μεσσαράς, και συγκεκριμένα στην παραλία που βρίσκεται στην περιοχή του στρατιωτικού αεροδρομίου στο Τυμπάκι.

Η μεγάλη έκταση του ποταμού σε συνδυασμό με τους υπόλοιπους παραπόταμους δημιουργεί ένα σύμπλεγμα από υγρότοπους μοναδικής ομορφιάς και με μεγάλη οικολογική σημασία. Ένας από τους πιο σπουδαίους, είναι ο υδροβιότοπος που βρίσκεται πίσω από τη μεγάλη παραλία της Παχειάς Άμμου, κοντά στο Καλαμάκι. Στην περιοχή υπάρχουν πολλές μικρές λίμνες που φιλοξενούν υδρόβια φυτά, καλαμιώνες και φυσικά πλήθος πουλιών. Για αυτό, άλλωστε, και η περιοχή ενδείκνυται για τους λάτρεις του birdwatching (παρατήρηση πουλιών). 

Αν και ο Γεροπόταμος ήταν γεμάτος νερό, δυστυχώς τα τελευταία χρόνια παραμένει τον περισσότερο καιρό ξηρός, καθώς το φράγμα της Φανερωμένης, που βρίσκεται στο χωριό Βώροι, μειώνει σημαντικό μέρος των υδάτων του ποταμού.