Τα επιβλητικά τείχη του Ηρακλείου χαρακτηρίζονται από μια μακρά και πλούσια ιστορία η οποία ξεκινάει, γύρω στα μέσα του 14ου αιώνα, μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Τούρκους.
Όταν η Κωνσταντινούπολη έπεσε, οι Βενετοί συνειδητοποίησαν ότι η Οθωμανική Αυτοκρατορία δεν θα αργούσε να στρέψει το βλέμμα της και στην Κρήτη. Η ανάγκη για μια πιο σύγχρονη και σοβαρότερη οχύρωση της πόλης έγινε πιο επιτακτική από ποτέ, καθώς η Κάντια είχε εξαπλωθεί αρκετά έξω από τα βυζαντινά τείχη, τα οποία ούτως η άλλως δεν ήταν ικανά να αντέξουν μια σοβαρή πολιορκία.
Έτσι λοιπόν, οι Βενετοί έστειλαν το καλύτερο μηχανικό τους, τον Michele Sanmicheli, ο οποίος σχεδίασε τα πιο επιβλητικά και δυνατά τείχη που είχε ευρωπαϊκή πόλη μέχρι τότε. Το χτίσιμο τους ξεκίνησε το 1462 και η κατασκευή τους διήρκεσε πάνω από έναν αιώνα. Το γιγαντιαίο αυτό τείχος μήκους 3 χιλιομέτρων κατασκευάστηκε ακολουθώντας ένα νέο σύστημα οχύρωσης, το οποίο ήταν ικανό να προστατέψει την πόλη από τα εχθρικά κανόνια - ο νέος αυτός τρόπος οχύρωσης ονομάστηκε “προμαχωνικό σύστημα”. Με το νέο αυτό σύστημα οι Βενετοί εξόπλισαν το τείχος με επτά προμαχώνες (Σαμπιονάρα, Βιττούρι, Ιησού, Μαρτινέγκο, Βηθλεέμ, Παντοκράτορα, Αγίου Ανδρέα) και έφτιαξαν επιπλέον τέσσερις κεντρικές πύλες, όπου η κάθε μία ατένιζε και ένα ξεχωριστό σημείο του ορίζοντα.
Για την κατασκευή των τειχών ήταν υποχρεωμένοι να εργαστούν όλοι οι Κρήτες ηλικίας 14 έως και 60 χρονών, για μια εβδομάδα το χρόνο, κουβαλώντας πέτρες από τα ερείπια της Κνωσού αλλά και από τα λατομεία του Κατσαμπά.
Όταν ο τούρκικος στρατός αποβιβάστηκε στην Κρήτη το 1645, κατάφερε σιγά σιγά να καταλάβει όλο το νησί εκτός από την πρωτεύουσα. Το Μάιο όμως του 1648, οι Τούρκοι έφτασαν μπροστά από τα τείχη της πόλης. Η πολιορκία της Candia κράτησε 21 ολόκληρα χρόνια, από το 1648 έως το 1669, και έμεινε γνωστή ως η μεγαλύτερη σε διάρκεια πολιορκία στην ιστορία.
Ηγετικά πρόσωπα αποτέλεσαν ο ικανότατος στρατηγός Φραγκίσκο Μοροζίνι, στον οποίο ανατέθηκε η άμυνα της πόλης, και ο Αχμέτ Κιοπρουλή πασάς, ο οποίος αντικατέστησε τον στρατηγό Χουσεϊν μετά τον αποκεφαλισμό του από τον Σουλτάνο, λόγω ανικανότητας.
Παρά την αριθμητική υπεροχή των Τούρκων, τα τείχη της πόλης ήταν πολύ ισχυρά και η πόλη δεν έδειχνε να πέφτει. Ο Κιοπρουλής κατάλαβε ότι μόνο με τα κανόνια δεν θα κατάφερνε να κερδίσει την πολιορκία, και έτσι, αποφάσισε να επιστρατεύσει ένα διαφορετικό όπλο, το χρυσάφι! Πολλοί από τους εξαθλιωμένους πολιορκούμενους δελεάστηκαν από την προσφορά του Κιοπρουλή, και έσπευσαν να προσφέρουν πληροφορίες για την άμυνα της πόλης. Καθοριστικό ρόλο στην άλωση της πόλης έπαιξε η προδοσία του συνταγματάρχη του μηχανικού Andrea Barozzi, ο οποίος αποκάλυψε στον εχθρό όλα τα αδύνατα σημεία των οχυρώσεων και επιπλέον τους συμβούλεψε που να στρέψουν τα κανόνια τους.
Με τις νέες αυτές πληροφορίες, οι Τούρκοι κατάφεραν να λυγίσουν την άμυνα της Κάντια και να μπουν θριαμβευτές στην πόλη στις 28 Σεπτεμβρίου του 1669, έπειτα από σκληρή συνθηκολόγηση.