Δίπλα στον καθεδρικό ναό του Αγίου Μηνά, βρίσκεται ο μικρός ναός Αγίου Μηνά, ο οποίος χτίστηκε τον 17 αιώνα και μετά την τουρκική κατάκτηση στέγασε την Μητρόπολη της Κρήτης, η οποία έως τότε, δεν στεγαζόταν κάπου.

Πρόκειται για έναν δίκλιτο ναό, όπου το βόρειο είναι αφιερωμένο στην Παναγία Υπαπαντή (Παντάνασσα), και το νότιο στον Άγιο Μηνά.

Ο ναός είναι στολισμένος με εικόνες, οι οποίες χρονολογούνται από τον 18ο και είναι έργα γνωστών αγιογράφων Κρητών μεγάλης αξίας, όπως η εικόνα που απεικονίζει τις 12 παραστάσεις από το μαρτύριο των αγίων δέκα μαρτύρων της Κρήτης, η εικόνα Μη μου Άπτου και ο Μυστικός δείπνος.

Τα τέμπλα και των δύο κλητών αποτελούν εξαίρετα δείγματα εκκλησιαστικής ξυλογλυπτικής.

Ο συγκεκριμένος ναός είναι τοποθεσία συνδεδεμένη με αρκετό πόνο αφού τον Ιούνιο του 1821 οι Τούρκοι έσφαξαν εν ώρα λειτουργίας τους παρευρισκόμενους, κλήρο και απλούς πολίτες.