Το σπήλαιο Μιλάτου βρίσκεται στο νομό Λασιθίου 3 χλμ βορειοανατολικά από το χωριό Μίλατος και είναι γνωστό για τα ιστορικά γεγονότα του 1823, όπου σφαγιάσθηκαν 3700 γυναικόπαιδα από τον Χασάν Πασά.
Το σπήλαιο παρουσιάζει πλούσιο σπηλαιογικό ενδιαφέρον αφού είναι γεμάτο σταλακτίτες και σταλαγμίτες. Με συνολικό μήκος που φτάνει τα 75μ. και συνεχώς επεκτείνεται από εργασίες αξιοποίησης, αποτελείται από πολλές ανισόπεδες αίθουσες. Επίσης αποτελεί σημαντικό βιότοπο για μεγάλο αριθμό νυχτερίδων που βρίσκουν εδώ καταφύγιο.
Ευρήματα ταφής και ανθρώπινα οστά στο εσωτερικό του σπηλαίου από την νεομινωική και νεολιθική εποχή μαρτυρούν την αρχαία ταφική χρήση του σπηλαίου.
Στο βάθος του σπηλαίου υπάρχει οστεοφυλάκιο με οστά των θυμάτων του 1823, και ένα εκκλησάκι αφιερωμένο στον Απόστολο Θωμά όπου κάθε χρόνο τελείται λειτουργία στην μνήμη των πεσόντων.
