Ο αρχαιολογικός χώρος των Μαλίων βρίσκεται τρία χιλιόμετρα ανατολικά του ομώνυμου οικισμού, πολύ κοντά στη θάλασσα.

Στο σημείο αυτό, αναπτύχθηκε μία από τις πιο σημαντικές μινωικές πόλης που φιλοξένησε το τρίτο σε μέγεθος ανάκτορο της Μινωικής Κρήτης, μετά το ανάκτορο της Κνωσσού και της Φαιστού.

Σήμερα το μεγαλύτερο μέρος των ορατών ερειπίων ανήκουν στο νέο ανακτορικό συγκρότημα, ενώ ερείπια του πρώτου ανακτόρου σώζονται στο βορειο-δυτικό τμήμα του συγκροτήματος και από την μετανακτορική εποχή ένα μικρό "λοξό" κτίσμα στη βόρεια αυλή. Η πρόσβαση σήμερα στο ανάκτορο γίνεται από την πλακόστρωτη δυτική αυλή, την οποία διασχίζουν ελαφρά υπερυψωμένοι διάδρομοι, οι λεγόμενοι "πομπικοί δρόμοι".  Το ανάκτορο οργανώνεται γύρω από την κεντρική αυλή, που είχε στοές στη βόρεια και την ανατολική πλευρά της και ένα βωμό στο κέντρο της. Το πιο σημαντικό τμήμα του είναι η διώροφη δυτική πτέρυγα που περιλάμβανε τους ιερούς και επίσημους χώρους.

Ως το 1880, η ύπαρξη της πόλης παρέμενε άγνωστη, όταν ο ιδιοκτήτης της περιοχής ανακάλυψε μερικά φύλλα χρυσού λίγα μέτρα δυτικά από το ανάκτορο. Το γεγονός αυτό στάθηκε αφορμή για να ανασκαφτεί ολόκληρη η περιοχή από χρυσοθήρες, παίρνοντας το όνομα «Χρυσόλακκος». Το 1915, ο Ιωσήφ Χατζιδάκης ξεκίνησε τις ανασκαφές στο λιμάνι, ενώ το 1921 η Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή συνέχισε τις εργασίες στο Χρυσόλακκο, όπου και ανακαλύφθηκε το περίφημο χρυσό κόσμημα με τις μέλισσες, το σπουδαιότερο εύρημα των Μαλίων που εκτίθεται σήμερα στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.